عادة ما نلجأ إلى الحقن المجهري عند وجود أي من الأسباب الأتية-:

* قلة عدد الحيوانات المنوية بالسائل المنوي للزوج

* قلة عدد الحيوانات المنوية السليمة (الخالية من أي عيوب)

* قلة نسبة الحيوانات المنوية التي تحتوي على الجزء المسئول عن تلقيح البويضات برأس الحيوانات المنوية.

* فشل حدوث التلقيح الطبيعي للبويضات بعد إجراء الإخصاب المعملي أو طفل الأنابيب في محاولة سابقة.

* من الممكن أن نلجأ إلى إستخدام الحقن المجهري بدل من "أطفال الأنابيب"  للتأكد من تلقيح البويضات أو لتجنب عدم تلقيح البويضات والذي يمكن أن يحدث عند إستخدام طريقة أطفال الأنابيب.

* وجود تركيز عال من الأجسام المضادة

* قلة عدد البويضات خلال إجراء طفل الأنابيب.

* تقدم سن الزوجة